Desde finales del siglo XV, Carabanchel Bajo y Carabanchel Alto, tienen parroquia y concejo gracias a los Reyes Católicos. El territorio que ocupan los Carabancheles linda con el río Manzanares y concejo de Madrid al norte, con el concejo de Villaverde al oriente, con el concejo de Leganés al sur y con el concejo de Alcorcón al poniente.

En 1517, Hernando Colón, hijo del Almirante Cristobal Colón, escribió para Carlos V la «Cosmografía de España» en el que se refleja la población de Carabanchel Bajo y Carabanchel Alto con 80 vecinos (unidades familiares y que representarían unos 320 habitantes) cada localidad.

La primera ermita de San Isidro, que tenía modestas proporciones, data del año 1528, y se construyó por iniciativa de Isabel de Portugal, esposa del emperador Carlos I. El motivo fue el agradecimiento al Santo por haber curado a su hijo, el príncipe Felipe, de unas peligrosas fiebres cuartanas que contrajo con las aguas de un manantial.⁸ En torno al manantial se edificó la ermita, estableciéndose como santuario dedicado a San Isidro Labrador. Por esta época la itinerante corte no había fijado la capitalidad española en Madrid.

No obstante, hay varios autores que defienden la edificación posteriormente, en el año 1537, justo cuando se crea la Cofradía del Santísimo Sacramento y San Isidro. Incluso hay algunos autores que defienden la fecha de edificación posterior, apuntando al año 1587. En cada caso los historiadores parten de la documentación encontrada al fusionarse diversas cofradías madrileñas.

En 1561, Felipe II estableció la Corte en la Villa de Madrid lo que debido a la proximidad de los Carabancheles con la Villa de Madrid hacen que a partir de ese momento su desarrollo y evolución vaya intrínsecamente ligado al de la capital de España.

Tras la construcción de la iglesia de San Pedro en Carabanchel Alto se dedica una importante suma de dinero a la orfebrería, destacando el encargo, el 14 de diciembre de 1565, de una pila bautismal de plata al orfebre Francisco Álvarez, el autor de la Custodia que el Ayuntamiento de Madrid encargó para procesionar el Corpus Christi. Dicha pila bautismal desapareció.